Po vyhotovení aktualizace Úvodního projektu, kterou zpracoval ENERGOPROJEKT PRAHA, byla v roce 2008 zahájena dostavba 3. a 4. bloku. ENERGOPROJEKT PRAHA jako Autor Úvodního projektu zajištuje po celou dobu funkci Autorského dozoru dokumentace i přímo na stavbě. Podílí se na vyhodnocování změn a vypracovává dodatky Úvodního projektu. V září roku 2022 nastal významný milník při dostavbě – došlo k zavezení jaderného paliva do reaktoru na 3. bloku. V rámci celé lokality JE Mochovce působí ENERGOPROJEKT PRAHA jako významný dodavatel v oblasti technických pomocí, zpracování projektové dokumentace pro povolení záměru ke změnám, zpracování dokumentace pro provádění stavby, odborných posudků, bezpečnostní dokumentace, implementace stress test opatření, všechny etapy zvyšování výkonu bloků.